Setelah berhasil membangun nama sebagai detektif muda yang tidak lagi hidup di bawah bayang-bayang kakaknya, Enola kini berada di titik hidup yang berbeda. Ia mulai memikirkan masa depan, hubungan, dan apakah hidupnya akan tetap dipenuhi misteri atau berubah menjadi sesuatu yang lebih tenang. Namun tentu saja, hidup keluarga Holmes tidak pernah benar-benar tenang.
Kali ini perjalanan membawa Enola keluar dari jalanan London menuju Malta. Apa yang awalnya terlihat seperti momen penting dalam kehidupan pribadinya tiba-tiba berubah menjadi kasus paling rumit yang pernah ia hadapi. Ketika rencana besarnya terganggu oleh hilangnya seseorang yang sangat dekat dengannya, Enola dipaksa kembali menggunakan insting, kecerdasan, dan keberaniannya untuk mencari jawaban.
Dalam penyelidikan itu, Enola bekerja bersama Tewkesbury dan bertemu kembali dengan wajah-wajah lama yang sudah dikenal penonton. Namun kasus ini berbeda dari sebelumnya—lebih pribadi, lebih berbahaya, dan membuat Enola mempertanyakan banyak hal tentang keluarga, kepercayaan, dan siapa dirinya di luar nama Holmes.
Dibanding dua film sebelumnya, film ketiga ini membawa nuansa yang lebih dewasa dan sedikit lebih gelap. Selain misteri dan petualangan, ceritanya juga menyentuh tema identitas, perubahan hidup, dan bagaimana seseorang tetap menjadi dirinya sendiri ketika semuanya mulai berubah.